Le directeur est chargé, dans le cadre du mandat de prestations et du budget, d'assumer l'ensemble des tâches de gestion opérationnelle du CSFO. C'est lui qui représente le CSFO à l'extérieur et qui est notamment responsable de l'embauche du personnel, de la création et de la dissolution des groupes de travail ainsi que de l'attribution des mandats d'expertise.
Pour diriger le CSFO, le directeur constitue un conseil de direction, qui se compose du directeur ainsi que des responsables des différentes secteurs de prestations.
Jean-Paul Jacquod, Directeur
Stéphanie Bugnon, Assistante de direction
Ruben Meier, Chef de l'unité Médias on-line
Chester Romanutti, Directeur adjoint / Chef de l'unité Information + Editions
Beatrice Ryser, Responsable des ressources
Daniel Stucky, Chef de l'unité Procédures de qualification